Jak ja mam sprawe rozwiązaną:

#1. Aparat trzyma ciągłą numerację zdjęć. czyli po 9999 liczniki się przekręci i znowu będzie 0001. nazwę przed tym ustawiam zależnie od aparatu (IMGP dla K10, AJD_ dla K20, 7AJD dla K-7, 5AJD dla K-5 - np: 5AJD0394.dng). W ten sposób nie mylą mi się poszczególne puszki i nie nakładają pliki z nich. Taką numerację/system ustawiam w body zaraz po jego kupnie.
#2. Katalogi na karcie mam w/g daty. To zapewnia niepowielanie się numerów zdjęć i ułatwia katalogowanie. Staram się jak robię coś ważnego by to były jedyne pliki na tej karcie więc w każdej puszce jest to zwykle katalog 100_[dzień][miesiąc]
#3. Po zgraniu mam katalogi typu [numer kolejny]_[dzień][miesiąc] (staram się by materiał z wszystkich body z danej akcji był w jednym katalogu) a w nich pliki [nazwa aparatu][nr kolejny zdjęcia]. Zmieniam nazwę katalogu na [aktualny rok]_[miesiąc][dzień]_[opis]. W ten sposób domyslnie winda sama posegreguje pliki chronologicznie (od nastarszego do najmłodszego). Czyli w przypadku opisanego pliku bedzie to "2012_0815_Paulina" (bo zdjęcie 15 sierpnia 2012 zrobione).
#4. Prawie zawsze obrabiam pliki Lightroomem. Nawey jak robiłem w jpg (zdarza się czasami) to w LR przycinam i eksportuję. Zaś tam mam opcję by do pliku automatycznie dodawać przedrostek z datą. Czyli opisany wcześniej 5AJD0394 zrobiony 15 sierpnia 2012 będzie się nazywał 20120815-5AJD0394.[psd lub jpg]. Musiałbym tego dnia zrobić K-5 10 000 zdjęć by takie oznaczenie się powtórzyło a tego nie dam rady (nawet tyle accu nie mam). Podobnie dla innych puszek.
#5. Obrobione pliki skałduję w katalogu podobnie opisanym jak negatywy, ale z dolna kreską ("_") pomiędzy miesiacem a dniem by się przypadkowo nie pomieszały. czyli tamta sesja to "2012_08_15_Paulina".
#6. Wybrane (zwykle najlepsze) zdjecia zmniejszam do 1024 pix na dłuższym boku i wwalam w katalog zbiorczy "Work".

Jakie ma to (moim zdaniem zalety)?
-Każde zdjęcie ma unikalną nazwę, szansa by to się powtórzyła jest minimalna. W tej nazwie jest zawarta data zrobienia i body którym było zrobione (nie trzeba w EXIF zaglądać) co znakomicie ułatwia jego identyfikację.
-katalogi z negatywami i obrobionymi zdjęciami są posegregowane chronologicznie, co ułatwia potem znalezienie konkretnego zdjecia w pełnej jakości lub/i jego oryginału (zawsze zachowuję pliki negatywów/oryginalne jpg, staram się zapisywac w LR metadane by móc powtórzyć ewentualnie obróbkę)
-dużo focę, różnorodnie, bez tego systemu dawno temu bym poległ. Szczególnie jakbym miał wwalac wszystko do jednego "wora".

Deko musi to wygladać na zakręconą metodę, ale jak się przyjrzeć całosci to jest proste, wymaga jedynie odrobiny konsekwencji i systematyczności (de facto odrobinkę jedynie).